يتسع "الفضاء الكيميائي" لجميع المواد الكيميائية العضوية الممكنة ويزيد أضعافًا مضاعفة مع حجم الجزيء. لا تحتوي معظم المكتبات الكيميائية المخزنة في الغالب على الفضاء الكيميائي الممثل تمثيلاً كاملاً وذلك بسبب مخاوف التخزين والتكلفة.
فبسبب النفقات والجهد المبذول في الاصطناع الكيميائي، ينبغي تخزين المواد الكيميائية بشكل صحيح، والحفاظ عليها بعيدًا لاستخدامها لاحقًا وذلك للحد من التدهور المبكر. ومن ثم يكون لكل مادة كيميائية مدة صلاحية معينة ومتطلبات تخزين ومرتبة بصورة جيدة حسب الحجم في المكتبة الكيميائية، ويكون هناك جدول زمني يتم من خلاله التخلص من المواد الكيميائية في المكتبة واستبدالها على أساس مُنظم. حيث إن هناك بعض المواد الكيميائية غير مستقرة إلى حد ما أو مشعة أو متطايرة أو قابلة للاشتعال ويجب تخزينها تحت ظروف دقيقة وفقًا لمعايير السلامة مثل تلك الخاصة بOSHA.
وعلى الرغم من ذلك، تُدار معظم المكتبات الكيميائية من خلال تكنولوجيا المعلومات مثل شفرة خيطية وقواعد البيانات المترابطة. إضافة إلى، الإنسالية التي تكون ضرورية لجلب المركبات في المكتبات الكيميائية الأكبر.
ونتيجة للدخول الفردي للمكتبة الكيميائية فربما يكون من السهل الوصول إلى ملايين المركبات، وربما السعي لإدارة المكتبات الكيميائية المتواضعة في الحجم كامل الوقت. إدارة المركب هو أحد المجالات التي تحاول إدارة وصيانة هذه المكتبات الكيميائية وزيادة السلامة والفعالية في إدارتها.