في اكتشاف الأدوية الكشف الفائق الإنتاجية، من المفضل كشف المستهدَف الدوائي تجاه مجموعة مختارة من المواد الكيميائية التي تحاول الاستفادة بأكبر قدر ممكن من الفضاء الكيميائي. لذا يُعد الفضاء الكيميائي كبيرًا للغاية بالنسبة لجميع البنى الكيميائية الممكنة. لا تحتوي معظم المكتبات الكيميائية المخزنة في الغالب على الفضاء الكيميائي أو عينة منه وذلك بسبب مخاوف التخزين والتكلفة. ومع ذلك، حيث لا يمكن التنبؤ بالعديد من التفاعلات الجزيئية فيما بعد، فكلما اتسع الفضاء الكيميائي المختبر من قبل المكتبة الكيميائية، كانت فرصة الكشف الفائق الإنتاجية أفضل وستجد أن اكتشاف المواد الكيميائية مع التفاعل المناسب في النموذج البيولوجي يمكن أن يتطور إلى دواء.
وهناك مثال على المكتبة الكيميائية في اكتشاف الأدوية التي قد تكون عبارة عن سلسلة من المواد الكيميائية المعروفة لمنع الكينازات أو في العمليات الصناعية أو في سلسلة من المواد الحفازة المعروفة ببلمرة الراتنجات.